H.K.H. Prins Joachim har været protektor for Dansk Skoleidræt siden den 6. januar 2006.
Som protektor er H.K.H. Prins Joachim med til at udbrede kendskabet til organisationen og inspirere andre til at støtte op om det arbejde, der foregår i Dansk Skoleidræt.
H.K.H. Prins Joachim har deltaget i flere arrangementer - bl.a. i forbindelse med Dansk Skoleidræts afvikling af VM i Skolefodbold 2005 og VM i Skolehåndbold 2008. Senest stod Prinsen for åbningen af Skolernes Motionsdags 30 års jubilæumsarrangement den 12. oktober 2012 på Rådhuspladsen i København.